يكون للصندوق رئيس تنفيذي، يعين ويعفى بموجب قرار من المجلس، على أن يسبق تعيينه الحصول على عدم ممانعة صندوق التنمية الوطني، ويحدد القرار أجره ومزاياه المالية الأخرى، ويكون هو المسؤول التنفيذي للصندوق. وتتركز مسؤولياته في الإشراف على أعمال الصندوق وإدارته، وما يقرره المجلس له من صلاحيات ومهمات، وله بوجه الخصوص ما يأتي:
1. متابعة تنفيذ قرارات المجلس.
2. الإشراف على شؤون الصندوق الإدارية والمالية، والإشراف كذلك على العاملين فيه، والتثبت من توافق عمليات الصندوق مع ما يقضي به النظام وما يقره المجلس.
3. إعداد السياسات والإستراتيجيات المتعلقة بنشاط الصندوق، والخطط والبرامج اللازمة لتنفيذها، ولوائح الصندوق المالية والإدارية والداخلية والفنية، ومشروع ميزانية الصندوق السنوية، وتقريره السنوي، وجميع المستندات الأخرى التي يلزم عرضها على المجلس.
4. تمثيل الصندوق أمام القضاء والجهات الحكومية والمؤسسات الأخرى ذات العلاقة، وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها، وله تفويض غيره في ذلك.
5. الصرف من ميزانية الصندوق، واتخاذ جميع الإجراءات المالية وفقاً للأنظمة واللوائح المقرة، وفي حدود الصلاحيات التي فوضه المجلس فيها.
وللرئيس التنفيذي تفويض بعض صلاحياته ومهماته إلى من يراه من منسوبي الصندوق وفق ما تقرره لوائح الصندوق الداخلية.