ينشأ في كل جامعة إدارة تنفيذية تعنى بالبحث العلمي، وترتبط بالنائب ويتولى المسؤول عنها (وفقاً للهيكل المعتمد للجامعة) إدارة الشؤون المالية والإدارية والفنية المرتبطة بها، وفقاً للنظام واللوائح والقواعد المعمول بها، ولها على وجه الخصوص المهمات التالية:
- الإشراف على إعداد خطة البحوث العلمية السنوية للجامعة، والميزانية اللازمة لها، تمهيداً لعرضها على المجلس العلمي.
- الصرف من ميزانية البحوث العلمية المقررة في حدود الصلاحيات المالية المفوضة له.
- تصريف الشؤون الإدارية والمالية المرتبطة بالبحوث العلمية والفرق البحثية.
- اقتراح القواعد واللوائح البحثية ورفعها إلى اللجنة الدائمة.
- الإشراف الفني، والإداري على مختلف نشاطات الإدارة التنفيذية، ووضع الخطط، وبرامج العمل، ومتابعة تنفيذها.
- الإشراف والمتابعة على البحث العلمي الممول من داخل الجامعة وخارجها، وما ينتج عنه من إنتاج علمي.
- مراجعة مشروعات البحوث العلمية المقدمة من أعضاء هيئة التدريس والتأكد من استيفائها للشروط؛ تمهيداً لإقرارها من اللجنة الدائمة.
- متابعة تنفيذ مشروعات البحوث العلمية، وتحكيمها، والصرف عليها، وفق القواعد المنظمة لذلك.
- تحفيز أعضاء هيئة التدريس ومن في حكمهم، والباحثين، والطلبة، وحثهم على إجراء البحوث العلمية المبتكرة، وتهيئة الوسائل والإمكانات البحثية لهم، وخاصة المتفرغين منهم تفرغاً علمياً، وتمكينهم من إنجاز بحوثهم في بيئة علمية ملائمة.
- الإشراف على أعمال مراكز ووحدات البحوث المرتبطة بالإدارة التنفيذية، ومتابعة نشاطاتها، وتقييم أدائها.
- التنسيق مع الجهات المعنية داخل الجامعة، في كل ما له علاقة بإنجاز بحوث الطلبة، والعمل على توفير الإمكانات والوسائل البحثية لإنهاء بحوثهم، أو رسائلهم العلمية، وإشراكهم في الفرق البحثية.
- تنسيق العمل بين مختلف الوحدات البحثية في الجامعة، والعمل على إلغاء الازدواجية في أدائها، وتشجيع البحوث التعاونية المشتركة، والفرق البحثية بين الأقسام والكليات.
- التعاون والتنسيق مع المؤسسات البحثية ومعاهد البحوث، والمراكز المحلية، داخل الجامعة، وخارجها، والاتصال بالمؤسسات البحثية، ومراكز البحوث الأجنبية، وتسخير ما يمكن الاستفادة منه لتحديث وتطوير البحث العلمي في الجامعة، وفق الإجراءات النظامية.
- اقتراح سبل التعاون مع المؤسسات الخارجية الممولة للبحوث، وجذب التمويل الخارجي، والرفع بشأنها إلى اللجنة الدائمة، تمهيداً للتوصية بشأنها من المجلس العلمي وإقرارها من مجلس الجامعة وفقاً للإجراءات النظامية.
- التوصية بالتعاقد مع الخبراء، والباحثين، ومساعدي الباحثين، لفترات محددة على ميزانية مشروعات البحوث العلمية.
- تعزيز أخلاقيات البحث العلمي، ونشر ثقافة النزاهة العلمية بين الباحثين.
- إنشاء قاعدة معلومات للأبحاث الجارية والمنتهية في الجامعة، وتبادل المعلومات البحثية مع الجامعات ومراكز البحوث الأخرى.
- إعداد مشروع ميزانية الإدارة التنفيذية، والتقرير السنوي؛ تمهيداً لعرضه على المجلس العلمي.
- أي مهمات أخرى تحددها القواعد التنفيذية.