أولاً: في تنفيذ أحكام المادتين (38) و (39) من النظام:
1- يعاقب كل من يخالف أحكام النظام أو اللوائح، على النحو المبين في جداول المخالفات الملحقة باللوائح.
2- يصدر الوزير- بالتنسيق مع الجهة المختصة - بقرار منه جداول تصنيف للمخالفات، وتحديد للعقوبات ضمن حدها المنصوص عليه في المادة الثامنة والثلاثون من النظام، تراعى فيه طبيعة كل مخالفة وجسامتها والظروف المشددة والمخففة لها.
3- تتولى الجهة المختصة إيقاع عقوبة الغرامة التي لا تزيد على (100.000) مائة ألف ريال، وتتولى اللجنة إيقاع عقوبة الغرامة التي تزيد على (100.000) مائة ألف ريال، وفقاً لجداول تصنيف المخالفات المشار إليها في الفقرة (2) من هذه المادة والمادة (الثامنة والثلاثين) من النظام.
4- للجنة تطبيق الإجراءات التي تتناسب مع طبيعة المخالفة وفق الفقرة "ثانيًا" من المادة الثامنة من هذه اللائحة.
5- يعتمد الوزير أو رئيس مجلس إدارة الجهة المختصة – بحسب الأحوال – قرارات اللجنة الصادرة بالغرامة التي تتجاوز (5.000.000) خمسة ملايين ريال، أو بإلغاء الترخيص أو التصريح.
ثانياً: في تنفيذ أحكام المواد (40) و (41) و (42) من النظام:
تتولى المحكمة المختصة النظر في المخالفات الآتية، وإيقاع العقوبات المنصوص عليها في النظام، وتتولى النيابة العامة التحقيق فيها والادعاء أمام المحكمة المختصة:
1- إلقاء مياه الصرف أو أي مكونات سائلة - غير معالجة - أو تصريفها، أو حقنها، في الآبار الجوفية، أو في أي وسط بيئي، أو في أي منطقة من مناطق المنكشفات الصخرية للطبقات المائية؛ لأي سبب كان.
2- إلقاء أو تصريف وسائط النقل البحري لأي من الملوثات الناتجة من مياه التوازن، وبقايا الحمولة، والنفايات، والمكونات السائلة، وانحلال المواد المانعة لالتصاق الشوائب.
3- التخلص من النفايات الخطرة في الأوساط البيئية.
4- الإتجار بالكائنات الفطرية المهددة بالانقراض ومشتقاتها ومنتجاتها، أو قتلها، أو صيدها.
5- ما يرتكب للمرة الثانية وما بعدها - خلال مدة سنة من ارتكابها للمرة السابقة- أي من المخالفات الآتية:
أ) قطع الأشجار أو الشجيرات أو الأعشاب أو النباتات، أو اقتلاعها، أو نقلها، أو تجريدها من لحائها أو أوراقها أو أي جزء منها، أو نقل تربتها أو جرفها، بما في ذلك الاتجار بها.
ب) قتل أي من الكائنات الفطرية الحية أو إيذاؤها بما يخالف أحكام النظام.
ثالثاً: لا تمنع إحالة المخالفات المذكورة في (ثانياً) من هذه المادة إلى المحكمة المختصة من إيقاع العقوبات المقررة بهذه اللائحة على المخالف.
رابعاً: في حالة ضبط مخالفي أحكام هذه اللائحة من غير السعوديين فيتم إحالتهم إلى إمارة المنطقة للنظر في ترحيلهم إلى خارج المملكة على حساب المخالفين.