يجب الإلتزام بالأحكام والضوابط الخاصة بالتراخيص الواردة في النظام واللائحة، كما يجب أن يلتزم المرخص له بكافة الأنظمة واللوائح والأدلة الصادرة بشأن النشاط الذي رخص لأجله.
المشاريع الصادر لها تصريح أو ترخيص بناءً على هوية السجل التجاري، يتم إيقاف التصريح أو الترخيص الصادر في حال انتهاء تاريخ السجل التجاري، ويتم إلغاء التصريح أو الترخيص في حال عدم تجديد السجل التجاري بعد انتهاء مهلة (15 يوم) الممنوحة للتصحيح، ويحق للوزارة منح مهلة إضافية حسب ما تراه مناسبًا.
تصدر الوزارة تصريح مبدئي لمشاريع الثروة الحيوانية وتربية الأحياء المائية البحرية، وذلك لاستكمال حصولها على الموافقات والمستندات الرسمية اللازمة تمهيداً لإصدار الترخيص الإنشائي لها، ويكون أقصى مدة للتصريح المبدئي (6) أشهر، ويعد لاغيًا في حال انتهاء مدته، ولا يجدد التصريح إلا في حال وجود مسببات للتأخر في الحصول على الموافقات على أن يكون هناك ما يثبت تقديم (مقدم الخدمة/الممارس الزراعي) طلبات الموافقة على المشروع سواء ورقية أو إلكترونية منذ أول شهر من فترة سريان التصريح وترفق مع طلب التجديد، ويحق للوزارة الرفض أو الموافقة على التجديد -حسب الأحوال-، وذلك لفترة 6 أشهر أخرى فقط.
تقوم الوزارة بتشكيل لجنة تسمى (لجنة النظر في طلبات القطاع الزراعي) تتولى استقبال طلبات تصريح أو ترخيص مشاريع (مقدمي الخدمة/الممارسين الزراعيين) حسب ما تراه، وتقوم اللجنة بدراسة تلك الطلبات ورفع توصياتها لصاحب الصلاحية بالوزارة لاتخاذ القرار المناسب حيالها.
لا يسمح بالتنازل عن التصريح المبدئي لإنتقال ملكية المشروع أو الأرض، وفي حال نقل الملكية للمشروع أو الأرض فيعد التصريح الصادر لاغيًا.
يصدر الترخيص الإنشائي من الوزارة ليخول (مقدم الخدمة/الممارس الزراعي) بالبدء في تنفيذ أعمال إنشاء المنشأة الزراعية أو البيطرية واستكمال المعدات اللازمة للتشغيل، ولا يخوله البدء بتشغيل المشروع أو المنشأة البيطرية إلا بعد صدور الترخيص التشغيلي.
تكون أقصى مدة للترخيص الإنشائي (سنتين)، ويعد لاغيًا في حال انتهاء مدته ولا يمدد الترخيص إلا في حال استكمال تنفيذ المشروع بنسبة 30% من وحدات الإنتاج، وذلك لمدة 6 أشهر فقط، ولمدة 6 أشهر أخرى إضافية في حال رأت الوزارة مناسبة ذلك.
تحدد الوزارة مدة الترخيص التشغيلي بحسب العمر الافتراضي للمنشأة، على ألّا تتجاوز مدته (30) سنة، وللوزارة تجديد الترخيص بعد استكمال الموافقات اللازمة.
لا يعفي الترخيص الزراعي صاحب المنشأة الزراعية أو البيطرية من الحصول على التراخيص أو الموافقات الأخرى اللازمة لنشاط وموقع المنشأة.
عند تكرر إصدار التصريح المبدئي لـ (مقدم الخدمة/الممارس الزراعي)، دون استكمال الإجراءات لتنفيذ المشروع فإن للوزارة الحق في عدم الموافقة على منح (مقدم الخدمة/الممارس الزراعي) أي تصريح أو ترخيص زراعي.
لا يسمح بالتنازل عن الترخيص الإنشائي لمشاريع الثروة الحيوانية لإنتقال ملكية المشروع (بالبيع، أو التأجير، أو ا لهبة، أو أي تصرف آخر) إلا بعد تنفيذ نسبة 50% من وحدات الإنتاج في المشروع على أقل تقدير، ويحق للوزارة في حالة الظروف الاستثنائية الرفع "لجنة النظر في طلبات القطاع الزراعي" وفق اشتراطات تحددها الوزارة ووفق نظام الزراعة ولائحته.
للحصول على الترخيص التشغيلي في مشاريع الدواجن يجب ألا تقل عدد الحظائر الجاهزة للتشغيل عن 3 حظائر المشروع الصادر له ترخيص إنشائي.
لا يشترط أي مسافة نظامية بين مشاريع الثروة النباتية ومشاريع الثروة الحيوانية.
للوزارة حسب ما تراه مناسبًا التصريح والترخيص للمهن والمشاريع والنشاط الزراعية وخدماتها المساندة.
تتولى الوزارة اصدار التصريح المبدئي لاستكمال الحصول على الموافقات والمستندات الرسمية لمنشأة زراعية تمهيداً لإصدار الترخيص الإنشائي ثم التشغيلي وفق الشروط والضوابط التي تحددها (المادة الثانية عشر والتاسعة عشر من اللائحة التنفيذية لنظام الزراعة).
تشترط الوزارة للحصول على الترخيص الإنشائي إرفاق صورة من التصريح المبدئي للمنشأة الزراعية، وموافقة الجهات ذات العلاقة بحسب نشاط المنشأة وموقعها، ودراسة الجدوى الفنية والاقتصادية للمنشأة أو تعبئة النموذج المعتمد من الوزارة، ورفع مساحي من مكتب هندسي أو مقدم خدمة معتمد موضحاً مكونات المنشأة والمسافات بينها حسب طبيعة النشاط (المادة العشرون من اللائحة التنفيذية لنظام الزراعة).
في حين يُشترط لدراسة طلب وإصدار الترخيص التشغيلي لمنشأة زراعية إرفاق صورة من الترخيص الإنشائي لتلك المنشأة الزراعية وتقرير فني من الوزارة أو من تفوضه يتضمن نسب التنفيذ لتلك المنشأة، أو صورة جوية توضح تلك النسبة (المادة الحادية والعشرون من اللائحة التنفيذية لنظام الزراعة).
كما تشترط الوزارة عند تقديم طلب تجديد ترخيص تشغيلي لمنشأة زراعية إرفاق صورة من الترخيص التشغيلي لتلك المنشأة الزراعية والتقرير الفني من الوزارة أو من تفوضه أو صورة جوية توضح موقع المنشأة (المادة الثانية والعشرون من اللائحة التنفيذية لنظام الزراعة).
ويُشترط لدراسة طلب توسعة منشأة زراعية ترخيص سار للمنشأة، تقريرين فنيين عن المنشأة الأصل وعن التوسعة حسب النماذج المعتمدة بالوزارة تتضمن الإحداثيات وصك الأرض أو عقد الإيجار للتوسعة، رفع مساحي من مكتب هندسي أو مقدم خدمة معتمد موضحاً لمكونات المنشأة الأصل ومكونات التوسعة والمسافات فيما بينها حسب طبيعة النشاط، دراسة الجدوى الفنية والاقتصادية للمنشأة أو تعبئة النموذج المعتمد من الوزارة، موافقة الجهات ذات العلاقة بحسب نشاط المنشأة وموقعها (المادة الثالثة والعشرون من اللائحة التنفيذية لنظام الزراعة).
ويُشترط لدراسة طلب نقل ملكية منشأة زراعية إرفاق تقرير فني حسب النموذج المعتمد بالوزارة حيال نقل ملكية المنشأة وترخيصها أو صورة جوية للمنشأة وإرفاق مستندات نقل الملكية (المادة الرابعة والعشرون من اللائحة التنفيذية لنظام الزراعة).
ولدراسة طلب تغيير نشاط منشأة زراعية يشترط إرفاق تقرير فني حسب النموذج المعتمد بالوزارة حيال تحويل نشاط الترخيص، رفع مساحي من مكتب هندسي أو مقدم خدمة معتمد موضحاً لمكونات المنشأة والمسافات فيما بينها حسب طبيعة النشاط، دراسة الجدوى الفنية والاقتصادية للمنشأة أو تعبئة النموذج المعتمد من الوزارة، موافقة الجهات ذات العلاقة بحسب نشاط المنشأة وموقعها (المادة الخامسة والعشرون من اللائحة التنفيذية لنظام الزراعة).
يشترط لطلب إلغاء ترخيص منشأة زراعية إرفاق تقرير فني حسب النموذج المعتمد من الوزارة مع صورة جوية (المادة السادسة والعشرون من اللائحة التنفيذية لنظام الزراعة).