يلتزم مشغل منطقة الإيداع بالآتي:
1. تشغيل مناطق الإيداع وتوفير العمالة والمعدات اللازمة لنقل البضائع من الساحة الجمركية، وإدخالها أو إنزالها على الأرصفة، وترتيب مواقعها وتنظيمها وتحميلها على وسائط النقل، بعد إنهاء إجراءاتها الجمركية وتأمين نقلها بين المستودعات ومناطق المعاينة والتخزين بالتنسيق مع الهيئة.
2. تحمل المسؤولية الكاملة عن مناطق الإيداع والبضائع المودعة بها.
3. الامتثال لأنظمة الهيئة في اخراج وإدخال البضائع من وإلى منطقة الإيداع.
4. استخدام الأنظمة الآلية المعتمدة في الهيئة لإتمام كافة العمليات الجمركية.
5. صيانة ونظافة جميع المنشآت والمرافق التابعة لمنطقة الإيداع وكافة محتوياتها.
6. حفظ جميع الأوراق والمستندات والسجلات والمراسلات والعقود التجارية والوثائق أيا كان نوعها، المتعلقة بصورة مباشرة أو غير مباشرة بالعمليات الجمركية. لمدة لا تقل عن (5) خمس سنوات ميلادية من تاريخ إتمام العمليات الجمركية ويحق للهيئة الاطلاع عليها في أي وقت خلال هذه المدة.
7. المحافظة على البضائع المودعة في المنطقة، والالتزام بعدم إدخال أي بضائع تالفة أو منتهية الصلاحية لمنطقة الإيداع، والتخلص من البضائع التالفة بعد أخذ الموافقات اللازمة من الهيئة.
8. تخصيص مستودع لتخزين المواد الكيميائية والخطرة في حال رغبة المشغل في تخزينها وفقَا للأنظمة واللوائح ذات العلاقة، بحيث تشمل تجهيزات خاصة وبوابة لدخول الإرساليات عند وصولها ومطابقتها من قِبل ممثل الهيئة.
9. تخصيص مستودع للمحجوزات والمتروكات بمساحات كافية وبمواصفات تحددها الهيئة.
10. أخذ الموافقات اللازمة قبل تخزين المواد التي يتطلب استيرادها فسح مسبق مثل المواد الكيميائية الخطرة، وفي حال مخالفة ذلك تعاد المواد المستوردة على وسيلة نقلها إلى مصدرها مع تطبيق ما يقضي به النظام ولائحته التنفيذية والتعليمات المكملة له من غرامات جمركية وغيرها.
11. توفير بيئة عمل مناسبة لموظفي الهيئة والمشغل بناء على المعايير والاشتراطات التي تحددها الهيئة.
12. التأكد من مطابقة مناطق الإيداع لجميع معايير الأمن والسلامة وتوافقها مع طبيعة البضائع التي ستودع فيه بما يتفق مع أنظمة ولوائح وتعليمات الجهات ذات العلاقة.
13. للمشغل حق طلب تحديد ساعات العمل بالتنسيق مع الهيئة، وفي هذه الحالة يجب ألا يتم العمل منطقة الإيداع إلا في المواعيد المتفق عليها.
14. سداد الرسوم الجمركية والضرائب المستحقة على جميع المواد والأدوات المستوردة من خارج المملكة لغرض استعمالها في بناء أو تشغيل مناطق الإيداع ما لم تكن من المواد أو المعدات التي يسمح بإدخالها إدخالا مؤقتا بموجب أحكام نظام الجمارك الموحد ولائحته التنفيذية.
15. يلتزم المشغل في حال نقل البضاعة بين البائع والمشتري من مستودع لآخر أن تتم خلال يومين عمل من تاريخ موافقة الهيئة.
16. الالتزام بكافة الأنظمة والإجراءات والأدلة الصادرة عن الهيئة، المنظمة لآلية العمل في مناطق وخزانات الإيداع.
17. أن تتم كافة العمليات الخاصة بمناطق الإيداع الكترونيًا من خلال النظام الآلي على منصة الهيئة المعتمدة.